Kedudukan Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) dalam sistem ketatanegaraan Indonesia adalah sebagai lembaga negara yang memiliki kewenangan tertentu sesuai dengan ketentuan dalam Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945.
Setelah dilakukannya perubahan (amandemen) terhadap UUD 1945 pada tahun 1999–2002, kedudukan MPR mengalami perubahan yang cukup besar. Pada masa sebelum amandemen, MPR dikenal sebagai lembaga tertinggi negara yang memegang dan melaksanakan sepenuhnya kedaulatan rakyat. Namun setelah amandemen UUD 1945, kedudukan MPR berubah menjadi lembaga negara yang sejajar atau setara dengan lembaga negara lainnya dalam sistem ketatanegaraan Indonesia.
Hal ini sesuai dengan prinsip bahwa kedaulatan berada di tangan rakyat dan dilaksanakan menurut UUD, sehingga tidak ada lagi satu lembaga yang memiliki kekuasaan tertinggi di atas lembaga negara lainnya. Dengan demikian, MPR tidak lagi menjadi pemegang kekuasaan tertinggi negara, tetapi tetap memiliki peran penting dalam sistem pemerintahan Indonesia.
Dalam kedudukannya sebagai lembaga negara, MPR terdiri dari anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dan anggota Dewan Perwakilan Daerah (DPD) yang dipilih melalui pemilihan umum. Keanggotaan ini mencerminkan perwakilan rakyat sekaligus perwakilan daerah dalam menjalankan fungsi-fungsi konstitusional MPR.
Sebagai lembaga negara, MPR memiliki beberapa kewenangan penting, antara lain mengubah dan menetapkan UUD 1945, melantik Presiden dan Wakil Presiden, serta memberhentikan Presiden dan/atau Wakil Presiden dalam masa jabatannya sesuai dengan ketentuan yang diatur dalam UUD 1945. Selain itu, MPR juga memiliki peran dalam menjaga dan menegakkan konstitusi sebagai dasar penyelenggaraan negara.
Dengan demikian, kedudukan MPR dalam sistem ketatanegaraan Indonesia saat ini adalah sebagai lembaga negara yang memiliki fungsi konstitusional penting, bersifat sejajar dengan lembaga negara lainnya, dan berperan dalam menjaga serta melaksanakan ketentuan UUD 1945 dalam kehidupan bernegara.
